Через ЛК налоговой оформили возврат НДС за покупку квартиры, и в конце года прошло письмо, что прошла камеральная проверка после чего просят вернуть деньги, что может быть не так?

Здравствуйте, Алина.

Скорее всего Вы оформили возврат НДФЛ, а не НДС.

Запросите в налоговой разъяснения по результатам камеральной проверки, можно через личный кабинет. Только после внимательного изучения их ответа можно принимать решение о том, что делать далее, так как любое нарушение может стать причиной для отказа. В том числе и арифметическая ошибка или отсутствие необходимого документа в приложениях к декларации.

Таким образом,  именно в налоговой Вам пояснят в чем дело, так как их действия должны быть мотивированны и обоснованы.