Или лучше направить два письма?

Добрый вечер.

Вы можете отказаться от части договора.В данном случае, невыплата вам договора является существенным нарушением договора на отчуждение исключительных прав.

В соответствии с ч.5 ст.1234 ГК РФ «При существенном нарушении приобретателем обязанности выплатить правообладателю в установленный договором об отчуждении исключительного права срок вознаграждение за приобретение исключительного права на результат интеллектуальной деятельности или на средство индивидуализации (подпункт 1 пункта 2 статьи 450) прежний правообладатель вправе требовать в судебном порядке перевода на себя прав приобретателя исключительного права и возмещения убытков, если исключительное право перешло к его приобретателю».

Здравствуйте, 

договор с книжным издательством на то, что я передаю им авторские права на две своих книги на 3 года

 вероятно вы заключили лицензионный договор (ст. 1235, 1286 ГК РФ) в соответствии с которыми предоставили издательству права на издание и продажу книги на 3 года. Авторские права вообще не могут передаваться и отчуждаться.

перед изданием второй начали менять условия по выплате, которые у нас прописаны в договоре в одностороннем порядке.

 необходимо изучать договор — есть условия об одностороннем изменении условий оплаты

Сейчас мне нужны права на вторую книгу, чтобы издать ее самостоятельно и ко мне с их стороны не было претензий.

 если три полный года, на которые у вас заключался договор истекли — права издательства в любом случае закончились, кроме того имеет определяющее значение какой вид лицензии вы предоставили — исключительную (вы не можете работать с другим издательством или неисключительную (вы можете работать с другим издательством, даже если три года еще не прошло)

Я писал в издательство насчет расторжения договора по второй книге людям, которые изначально вели со мной переговоры, но они не отвечают и просто игнорируют. Я хочу отправить им претензию с уведомлением по почте.

сначала вам нужно определиться хотите вы или нет работать с ними по второй книге, от этого зависит объем и вид требований в досудебной претензии и затем содержание искового заявления в суд

на мой взгляд логичней  в одной претензии требовать исполнения обязательств (роялти и отчеты) и расторжения договора (хотя, если срок договора действительно 3 года, он и так уже должен истечь и договор прекращается