Скоро буду работать официально и скорее всего с этим столкнусь, как мне действовать в такой ситуации?

В договоре о материальной ответственности говорится только о прямом действительном ущербе. Про просрочку ничего не пишут, только отдалённое что-то «своевременно ставить в известность работодателя о всех обстоятельствах, угрожающих сохранности вверенного коллективу (бригаде) имущества» я так понял это значит своевременно сообщать о товаре с истекающем сроком годности. Меня не устраивает то, что если в итоге продукт не продался (например когда они делают уценки на товары с истекающим сроком годности), то в итоге что-то все равно списывают с сотрудников (хотя мне сказали, что что-то с предприятия, что-то компании заменяют на свежее, ну и часть с сотрудников)

Это незаконно, конечно! Любой суд признает эти взыскания незаконными. Тем более, наверное, никто никакие приказы не выносит, просто списывают и все... 

Тут Вы сами должны решить: портить отношения с работодателем и судиться с ним либо терпеть условия… Иногда используют механизм «анонимных обращений» в трудовую инспекцию. Посредством электронного обращения — это возможно, а обязанность проверить все равно сохраняется