Откуда марки будут передаваться на маркетплейсы?

Станислав, добрый день!
Продажа товаров по агентской схеме, в т.ч. по договору комиссии возможна. 

Статья 990.ГК РФ Договор комиссии
1. По договору комиссии одна сторона (комиссионер) обязуется по поручению другой стороны (комитента) за вознаграждение совершить одну или несколько сделок от своего имени, но за счет комитента.
По сделке, совершенной комиссионером с третьим лицом, приобретает права и становится обязанным комиссионер, хотя бы комитент и был назван в сделке или вступил с третьим лицом в непосредственные отношения по исполнению сделки.

Если я правильно понял из вашего вопроса, то компания Б (комитент) передает свой товар компании А (комиссионеру) которая будет реализовывать товар на маркетплейсах. 
После продажи товаров, А будет передавать отчет о продажах и получать за это вознаграждение. 

1. Ничего ли такая цепочка не нарушает

 Нет, данная схема основана на нормах ГК и законна.

2. Где должны храниться марки на товар: у компании А или Б?

 Как договоритесь. Можно передать сразу товар на реализацию, а можно в соответствии с заявкой передавать товар после того как будет оформлен заказ на Озоне. Опять же в рамках взаимоотношений с озоном, возможно лучше сразу товар передать в озон и он там будет находится. 

если марки на этапе 1 не будут передаваться в компанию Б и будут передаваться напрямую в маркетплейсы?

 После того как товар передан комиссионеру, он отвечает за него и несет ответственность. Как комиссионер, он будет продавать его от своего имени, в т.ч. по прямым договорам с озоном.