Находясь в основном отпуске, была сдача физической подготовки, на которой я отсутствовал, вследствие чего была поставлена оценка 2, и был лишён премии 1010 на 100%

Здравствуйте, это какой то бред. Если на момент сдачи ФИЗО вы находились в отпуске, то в ведомости ставится причина отсутствия с указание даты и номера приказа. В даннйо ситуации необходимо обжаловать не лишение 1010 а саму неудовлетворительную оценку, тогда отпадет основание для лишения 1010. Срок обжалования 3 месяца с момента когда стало известно. Обжалоать необходимо в гарнизонном военном суде , для чего необходимо подать административное исковое заявление по правилам КАС РФ в котором обжаловать действия должностного лица провводившег опроверку и выставившего оценку неудовлетворительно.