Как оформлять учредителя-директора в новой фирме, если он официально трудоустроен в другой?

Здравствуйте, Светлана! Единого мнения на счет учредителя и директора в одном лице не существует. Можно придерживаться такой позиции, например: 

В письме Роструда от 28.12.2006 № 2262-6-1 говорится: особенности регулирования труда руководителя организации предусмотрены гл. 43 ТК РФ. Согласно ст. 273 ТК РФ положения указанной главы не распространяются на руководителя организации в случае, если он является единственным участником (учредителем) организации. Согласно ст. 56 ТК РФ трудовой договор заключается между работником и работодателем. В этой ситуации по отношению к генеральному директору отсутствует его работодатель. Подписание трудового договора одним и тем же лицом от имени работника и от имени работодателя не допускается. Таким образом, в указанном случае трудовой договор с генеральным директором как с работником не заключается.

С другой стороны, имеются решения судов (например, постановление ФАС Северо-Западного округа от 19.05.2004 № А13-7545/03-20), где указано, что возложение единоличным учредителем общества на себя функций исполнительного органа этого же общества не противоречит ни правовым нормам, ни положениям устава общества.

При этом, прием на работу генерального директора общества оформляется в обычном порядке, согласно ст. 68 ТК РФ. На основании решения единственного участника ООО о назначении генерального директора издается приказ о приеме на работу, который будет подписан генеральным директором. Зарплату и режим работы можно предусмотреть в штатном расписании. 

Таким образом, в зависимости от Ваших целей, можно поступить и так, и так.