Но оплата проезда была произведена по справке о минимальной стоимости проезда на самолёте, притом только на одного человека (как будто я ездила в отпуск одна)

Уважаемая Валентина, здравствуйте!
 Согласно Постановлению Правительства РФ от 12 июня 2008 г. N 455 «О порядке компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно для лиц, работающих в федеральных государственных органах, государственных внебюджетных фондах Российской Федерации, федеральных государственных учреждениях, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, и членов их семей»

8. Компенсация расходов при проезде работника учреждения и членов его семьи к месту использования отпуска и обратно личным транспортом производится при документальном подтверждении пребывания работника и членов его семьи в месте использования отпуска в размере фактически произведенных расходов на оплату стоимости израсходованного топлива, подтвержденных чеками автозаправочных станций, но не выше стоимости проезда, рассчитанной на основе норм расхода топлива, установленных для соответствующего транспортного средства, и исходя из кратчайшего маршрута следования.

Учитывая это, Вам должны были рассчитать компенсацию проезда в размере стоимости купленного Вами топлива. Следовательно, расчет исходя из справки о минимальной стоимости проезда на самолёте неправомерен.

С уважением, Артемьев Роман