Здравствуйте
В силу ст. 238 Трудового кодекса РФ (ТК РФ) работник обязан возместить работодателю причиненный ему прямой действительный ущерб. При этом под прямым действительным ущербом понимается реальное уменьшение наличного имущества работодателя, то есть, что о чем вы написали – компании придется платить большие штрафы.
Несмотря на то, что гл. бухгалтер уже уволилась, тем не менее его возможно привлечь к материальной ответственности через суд, если вы докажете что ущерб компании причинен именно по вине главного бухгалтера.
Однако в этом случае необходимо поднять трудовой договор (контракт) с главным бухгалтером и выяснить были ли включены в договор условия о полной материальной ответственности, согласно ст.243 ТК РФ (Материальная ответственность в полном размере причиненного работодателю ущерба может быть установлена трудовым договором, заключаемым с заместителями руководителя организации, главным бухгалтером).
Пленум Верховного Суда РФ в Постановлении от 16.11.2006 № 52 (п.10) разъясняет, что необходимо иметь в виду, что в силу ч.2 ст. 243 ТК РФ материальная ответственность в полном размере может быть возложена на заместителя руководителя организации или на главного бухгалтера при условии, что это установлено трудовым договором.
Если трудовым договором не предусмотрено, что указанные лица в случае причинения ущерба несут материальную ответственность в полном размере, то при отсутствии иных оснований, дающих право на привлечение этих лиц к такой ответственности, они могут нести ответственность лишь в пределах своего среднего месячного заработка.
В любом случае вы вправе в соответствие со ст.392 ТК РФ обратиться в суд по спорам о возмещении работником ущерба, причиненного работодателю, в течение одного года со дня обнаружения причиненного ущерба.
В данном случае моментом обнаружения ущерба следует считать - момент получения заключения налогового органа с выявленными недостатками и требованием доначисления налогов и сборов.