Имеет ли право работодатель высчитать с меня эту недостачу?

Здравствуйте Кристина. Вы ведь уже уволены,  с чего он будет высчитывать. в трудовых правоотношениях с бывшим работодателем не состоите. 

Т.е. если он считает, что по Ваше вине был причинен ущерб, и это установлено в порядке предусмотренном трудовым законодательством, он вправе просить Вас возместить добровольно этот ущерб, если Вы не согласны решать вопрос в судебном порядке.

Статья 247 Трудового кодекса Рф:

До принятия решения о возмещении ущерба конкретными работниками работодатель обязан провести проверку для установления размера причиненного ущерба и причин его возникновения. Для проведения такой проверки работодатель имеет право создать комиссию с участием соответствующих специалистов.