Что делать, если вычет по авансам превышает сумму НДС?

Доброго времени суток!
По общему правилу проверяющими предполагается, что сумма восстановленного НДС с аванса, должна соответствовать (быть не меньше) сумме НДС, ранее принятой к вычету с данного аванса.
Однако если организация постоянно работает по системе авансовых платежей, то внутри каждого отчетного периода данное равенство может не соблюдаться.
Так, например, в Вашей ситуации сумма НДС с аванса принята к вычету в одном квартале, а будет восстановлена по факту отгрузки в другом квартале. В таком случае сумма НДС с авансов восстановленная (строка 090 Раздела 3) будет меньше, чем сумма НДС с авансов принятая к вычету (строка 130 Раздела 3).
В пояснении налоговой напишите, что само по себе расхождение в показателях по данным строкам нарушением не является. А превышение вычетов по НДС с аванса над суммой НДС восстановленного с авансов объясняется тем, что происходит перенос вычетов по незакрытым авансам на последующий отчетный период.
В качестве подтверждения возможно приложить соответствующие расчеты по суммам, когда НДС с аванса был принят к вычету и когда будет восстановлен.
Нюанс, скорость с которой у нас меняется налоговое законодательство, уступает наверное только скорости света, поэтому просмотрите еще раз «разделы» и «строки»
Но это не исчерпывающая информация.
Дать более подробную консультацию не представляется возможным, так как информации недостаточно, а данные случаи специфичны и индивидуальны.
Если, что-то осталось неясным или нужна дополнительная помощь, обращайтесь ко мне в чат, рад буду помочь. 
Удачи и успехов вам.