Как платить налоги при выполнении работ по проектам КС2 и КС3?

Здравствуйте, Светлана!

Является ли КС 2 основанием учета расходов?

Насколько я понял вы являетесь подрядчиком. То есть по КС-2 вы сдаете работы. Это означает, что по данному документу вы начисляете доход.

Нам на расчетный счет начислили всю сумму по объекту(т.к это была субсидия молодым семьям на строительство), мы теперь в кудир всю эту сумму указываем как доход, а как расход мы можем указать все расходы по проекту кроме ФОТ?

А расход у вас кроме ФОТ — это материалы и субподрядные работы, которые вы используете. Если они у вас есть и если вы их оплатили — то можете отнести их в расходы.