Как оформить право собственности на земельный участок, по приобретательской давности?

Откуда такая коллизия?

Добрый день на самом деле коллизии нет. АПК и ГПК регулируют разный виды судопроизводства. Если спор относится к экономической или предпринимательской деятельности, то это АПК. Законодатель решил, что юридические лица и ип не должны платить так же, как и граждане за споры признании права.

Если юр. лицо просит признать право, то гос. пошлина 6000,00 рублей.

п.2 ст.103 АПК РФ

2. По исковым заявлениям о признании права, в том числе права собственности, права пользования, права владения, права распоряжения, государственная пошлина уплачивается в размерах, установленных для исковых заявлений неимущественного характера.

п. 4 ст. 333.21 НК РФ. Размеры государственной пошлины по делам, рассматриваемым Верховным Судом Российской Федерации, арбитражными судами
4) при подаче иных исковых заявлений неимущественного характера, в том числе заявления о признании права, заявления о присуждении к исполнению обязанности в натуре, -6 000 рублей;
(в ред. Федерального закона от 21.07.2014 N 221-ФЗ)

Если гражданин, то в зависимости от кадастровой стоимости земельного участка.

Статья 333.19.НК РФ Размеры государственной пошлины по делам, рассматриваемым Верховным Судом Российской Федерации, судами общей юрисдикции, мировыми судьями
(в ред. Федерального закона от 28.06.2014 N 198-ФЗ)
1. По делам, рассматриваемым Верховным Судом Российской Федерации в соответствии с гражданским процессуальным законодательством Российской Федерации и законодательством об административном судопроизводстве, судами общей юрисдикции, мировыми судьями, государственная пошлина уплачивается в следующих размерах:
(в ред. Федеральных законов от 28.06.2014 N 198-ФЗ, от 08.03.2015 N 23-ФЗ)
1) при подаче искового заявления имущественного характера, административного искового заявления имущественного характера, подлежащих оценке, при цене иска:
до 20 000 рублей — 4 процента цены иска, но не менее 400 рублей;
от 20 001 рубля до 100 000 рублей — 800 рублей плюс 3 процента суммы, превышающей 20 000 рублей;
от 100 001 рубля до 200 000 рублей — 3 200 рублей плюс 2 процента суммы, превышающей 100 000 рублей;
от 200 001 рубля до 1 000 000 рублей — 5 200 рублей плюс 1 процент суммы, превышающей 200 000 рублей;
свыше 1 000 000 рублей — 13 200 рублей плюс 0,5 процента суммы, превышающей 1 000 000 рублей, но не более 60 000 рублей;