Правомерно ли удерживают переплату из зарплаты, если отпускные по ошибке перечислили дважды?

Если вы все правильно описали, то действия работодателя незаконны в части размера удержаний. В общем, удерживают, скорее всего, правильно, на всю зарплату отнимать не имеют права:

Трудовой Кодекс
Статья 137. Ограничение удержаний из заработной платы
…
Удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться:
…
для возврата сумм, излишне выплаченных работнику вследствие счетных ошибок,
…
… работодатель вправе принять решение об удержании из заработной платы работника не позднее одного месяца со дня окончания срока, установленного для возвращения аванса, погашения задолженности или неправильно исчисленных выплат, и при условии, если работник не оспаривает оснований и размеров удержания.
Заработная плата, излишне выплаченная работнику (в том числе при неправильном применении трудового законодательства или иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права), не может быть с него взыскана, за исключением случаев:
счетной ошибки;
Статья 138. Ограничение размера удержаний из заработной платы
Общий размер всех удержаний при каждой выплате заработной платы не может превышать 20 процентов, а в случаях, предусмотренных федеральными законами, — 50 процентов заработной платы, причитающейся работнику.

Счетная ошибка это арифметическая ошибка, т.е. ошибка, допущенная в результате неверного применения арифметических действий (умножения, сложения, вычитания, деления) при подсчетах.

Повторная выплата заработной платы за один период не признается счетной ошибкой (Определение Верховного Суда РФ от 20.01.2012 N 59-В11-17).

Действия работодателя незаконны.