Если да, то процент по ставке выплаченный ранее будет произведен исключительно за мой счет?

Здравствуйте Николай!

В случае увольнения с военной службы по собственному желанию (не по «льготному» основанию) Вам необходимо будет вернуть ФГКУ «Росвоенипотека» выплаченные по договору целевого жилищного займа суммы, а также уплатить сумму процентов за пользование целевым жилищным займом по ставке рефинансирования Центрального банка Российской Федерации.

Это следует из ч.2 ст.15  Федерального закона от 20.08.2004 N 117-ФЗ «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих»
 При досрочном увольнении участников накопительно-ипотечной системы с военной службы, если у них не возникли основания, предусмотренные пунктами 1, 2 и 4 статьи 10 настоящего Федерального закона, участники накопительно-ипотечной системы обязаны возвратить выплаченные уполномоченным федеральным органом суммы по договору целевого жилищного займа ежемесячными платежами в срок, не превышающий десяти лет.

В случае восстановления смогу ли я рассчитывать повторно реализовать накопления на своем счету?

В соответствии с п.14 ч.2 ст.9 Федерального закона от 20.08.2004 N 117-ФЗ «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих»

2. Основанием для включения военнослужащего федеральным органом исполнительной власти или федеральным государственным органом, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба, в реестр участников является: 14) для военнослужащих, поступивших в добровольном порядке на военную службу из запаса, если они были исключены из реестра участников и не получили выплату денежных средств, указанных в пункте 3 части 1 статьи 4 настоящего Федерального закона, — заключение нового контракта о прохождении военной службы;

В соответствии с п. 92 Постановления Правительства РФ от 15.05.2008 N 370 «О порядке ипотечного кредитования участников накопительно-ипотечной системы жилищного обеспечения военнослужащих»
92. В случае включения военнослужащего в реестр участников по основанию, предусмотренному пунктом 14 части 2 статьи 9 Федерального закона, возврат задолженности производится за счет средств накоплений для жилищного обеспечения, учитываемых на именном накопительном счете участника. Уплата процентов и пеней (при наличии), указанных в пункте 76 и подпункте «в» пункта 85 настоящих Правил соответственно, производится участником за счет собственных средств.

Согласно п. 7.1 ст. 5 Федерального закона от 20.08.2004 N 117-ФЗ «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих»
7.1. На именных накопительных счетах участников, которые были исключены из реестра участников в связи с увольнением с военной службы по основаниям, предусмотренным подпунктами «б», «в», «г» и «к» пункта 1, подпунктами «а», «б» и «ж» пункта 2, пунктами 3 и6 статьи 51 Федерального закона от 28 марта 1998 года N 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», у которых при этом не возникло право на использование накоплений для жилищного обеспечения по основаниям, предусмотренным пунктом 2 статьи 10 настоящего Федерального закона, и которые были включены в реестр участников по основанию, предусмотренному пунктом 14 части 2 статьи 9 настоящего Федерального закона, учитываются денежные средства в размере накоплений для жилищного обеспечения, учтенных на именных накопительных счетах участников на день возникновения оснований для исключения их из реестра участников.

Резюмируя вышеуказанные положения законов прихожу к следующему выводу:

1) если Вы будете уволены с военной службы на основании п.6 ст.51 ФЗ «О воинской обязанности и военной службе» (военнослужащий, проходящий военную службу по контракту, по заключению аттестационной комиссии может быть уволен с военной службы досрочно по собственному желанию при наличии у него уважительных причин) и в последующем заключите новый контракт о прохождении военной службы, то Вас должны будут включить в реестр участников НИС на основании п.14 ч.2 ст.9 ФЗ О НИС.

2) в связи с повторным включением в реестр участников НИС по основаниям, предусмотренным п.14 ч. 2 ст. 9 ФЗ О НИС, в силу п. 92 Правил предоставления целевых жилищных займов ФГКУ «Росвоенипотека» должно возобновить возврат задолженности по ипотечному кредиту за счет средств накоплений для жилищного обеспечения, учитываемых на именном накопительном счете участника НИС.

Таким образом, с даты увольнения с военной службы до даты заключения нового контракта о прохождении военной службы ФГКУ «Росвоенипотека» должно возобновить возврат задолженности по ипотечному кредиту за счет средств накоплений для жилищного обеспечения, учитываемых на именном накопительном счете участника НИС. 

3) В случае погашения участником всей суммы задолженности, процентов и пеней (при наличии) накопления для жилищного обеспечения, учитываемые на именном накопительном счете участника, могут быть использованы участником в соответствии с Федеральным законом и Правилами (в том числе для возобновления погашения обязательств по ипотечному кредиту, полученному с использованием целевого жилищного займа).

Если да, то процент по ставке выплаченный ранее будет произведен исключительно за мой счет?

В соответствии с п. 93 Постановления Правительства РФ от 15.05.2008 N 370 проценты, уплаченные участником по графику возврата задолженности после заключения нового контракта, возвращаются участнику уполномоченным органом за счет доходов от инвестирования средств накоплений участников в течение 20 дней со дня получения от участника заявления о возврате указанных процентов, но не ранее 30-го числа месяца, следующего за кварталом, в котором участник был включен в реестр участников.