Теперь, выйдя на работу, увольняюсь и руководитель шантажирует тем, что якобы это отсутствие не было согласовано

Добрый день

Если Вам нечем будет доказать, что Вы отсутствовали на работе с ведома и согласия  работодателя, то Вам грозит увольнение за прогул

Трудовой договор может быть расторгнут работодателем в случаях:

а) прогула, то есть отсутствия на рабочем месте без уважительных причин в течение всего рабочего дня (смены), независимо от его (ее) продолжительности, а также в случае отсутствия на рабочем месте без уважительных причин более четырех часов подряд в течение рабочего дня (смены);