За что могут быть начислены пени при возврате НДФЛ с покупки недвижимости?

В 2013 году я совместно с женой провел две сделки с недвижимостью. Первая: продали квартиру, в которой владели равными долями (1/2). Квартира в собственности менее 3 лет, налог рассчитывали из разницы цены продажи - цены покупки.

Вторая: покупка квартиры в общую совместную собственность по ипотеке. По заявлению распределения вычета 3/4 - моя доля, 1/4 - доля жены.

В 2014 году поданы декларации 3НДФЛ. У меня заявлен возврат НДФЛ по купленной квартире за вычетом налога за проданную квартиру. У жены так как доходов не было сделан взаимозачет по налогам.

По итогам камеральной проверки все рассчитали и остаток налога был возвращен.

В 2015 году декларация не подавалась.

в 2016 году подано две декларации за 2014 и за 2015 годы на возврат остатка НДФЛ от покупки и с процентов по ипотеке. Подача осуществлялась через личный кабинет налогоплательщика. Первую редакцию не приняли, указали ошибки. Ошибки учел, исправил. Позже выяснилось, что сервис личного кабинета не позволяет оформить 3НДФЛ как положено (связано с работодателем и кодами ОКТМО). Инспектор налоговой мне предоставил бланки деклараций заполненные как надо - правильно по ее мнению.

Все заполнил как рекомендовали, из общей суммы возврата пропала сумма налога с процентов по ипотеки за 2013 год (три месяца).

В итоге в личном кабинете данные обновились, суммы возвращаемого НДФЛ стали соответствовать поданным.

Но через неделю к сумме за 2014 год добавилась строка "По пене: 2 937 руб. 75 коп. (Задолженность)". При этом не понятно за что и откуда эта сумма взялась.

По проданной квартире налог уплачен полностью, штрафов за несвоевременную подачу декларации быть не должно, так как это последующие декларации. За что ещё могут быть пени?