Должен ли я снять тонировку со своего автомобиля, если штраф уже оплатил?

Штраф Вы получили не за наличие тонировки, а за управление ТС, на котором есть тонировка, об этом же и требование — не растонировать ТС, а прекратить им управлять в таком виде. Можете и не растонировать, если не собираетесь на нём ездить, однако если Вас поймают ещё раз с тонировкой —

Неповиновение законному распоряжению или требованию сотрудника полиции, военнослужащего либо сотрудника органа или учреждения уголовно-исполнительной системы в связи с исполнением ими обязанностей по охране общественного порядка и обеспечению общественной безопасности, а равно воспрепятствование исполнению ими служебных обязанностей — влечет наложение административного штрафа в размере от пятисот до одной тысячи рублей или административный арест на срок до пятнадцати суток.

Требование прекратить управлять затонированным ТС само по себе вполне законно, просто оно предъявлено не в устной, а в письменной форме. Поэтому Вы должны подчиниться этому требованию.