Как в связи с отсутствие акта и наличием вместо него справки могут тут ещё возникнуть?

1) Застройщик передал часть квартир юр. лицу по ДДУ (договору долевого участия). Финансовые обязательства были закрыта двухсторонним актом об их исполнении. К этой части вопросов нет. 

К этой части могут возникнуть вопросы, если будет банкротство одно из юр. лиц.  (как Застройщика, так и  другого лица). В этом случае арбитражный управляющий будет пытаться вернуть имущество в конкурсную массу, а вам придется доказывать, что вы являетесь добросовестным приобретателем. 

2) Далее это юр. лицо, ставшее дольщиком, передало часть квартир по договору уступки прав требования физ. лицу (в данном случае — ИП), но акта об исполнении финансовых обязательств им в общем пакете право устаналивающих документов не предоставили. Вместо него показали справку, в которой Цедент в одностороннем порядке подтверждает отсутствие у него претензий по оплате к Цессионарию.

Справка не является первичным бухгалтерским документом, подтверждающим оплату.  (см. ст. 9 ФЗ о бухгалтерском учете)

В п.2.3. Договора уступки указано: 

2.3. Оплата Цены Договора уступки производится Цессионарием после государственной
регистрации настоящего Договора уступки в Органе государственной регистрации, путем
безналичного перевода соответствующих денежных средств на расчетный счет Цедента, указанный в
Разделе 7 настоящего Договора уступки, в срок не позднее «20» октября 2020 г.
Все необходимые действия, связанные с регистрацией перехода прав требования по Договору
участия на основании настоящего Договора уступки, в т.ч. оплата расходов в связи с государственной
регистрацией, производятся Цессионарием самостоятельно за свой счет и не входят в Цену Договора
уступки.При этом в платежном документе, в поле «Назначение платежа» Цессионарий должен указать:
«Оплата по Договору уступки прав требования № С-16-МР/У от «01» сентября 2020 г. по
договору участия в долевом строительстве многоквартирного дома № 1.16-ДЗ от 11.12.2017 г. с
учетом НДС 0 руб.00 коп.». 

Как можете заметить, что должен быть документ, подтверждающий оплату. Это исполненное платежное поручение, либо выписка по расчетном счету с указанным выше основанием платежа. 

Т.е. важно не наличие акта, а наличие самого факта оплаты.