Можно ли по отдельности подать два иска в связи с причинением вреда здоровью?

Данил, в данном случае важное значение имеет правильно определить такой момент как сторона ответчика, если в качестве ответчика выступает МО РФ, а указанные должностные лица, лишь являются субъектами процесса как непосредственные представители ответчика в силу своих служебных обязанностей то тогда нет нельзя, поскольку у Вас по сути один ответчик — МО РФ, а если в данной ситуации Вы подаете иск именно на двух разных физических лиц, совершивших определенное деяние но не как военнослужащие (лица со специальным статусом), то да тогда можно,  если у вас остались вопросы, задавайте, с радостью отвечу. Также вы можете написать мне в чате и заказать персональную консультацию или подготовку документа по вашему вопросу. Всего доброго!