Возврат НДС при переходе с общей системы налогообложения на упрощенную

Согласно пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ суммы НДС, принятые к вычету по указанным товарам, при переходе на УСН необходимо восстановить.
По общему правилу налог восстанавливается в той же сумме, в которой он был принят к вычету (абз. 2 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). Единственное исключение сделано для основных средств и НМА. По ним налог восстанавливается в части, пропорциональной их остаточной (балансовой) стоимости без учета переоценки. Причем Минфин России указывает, что при определении суммы восстанавливаемого НДС за основу берется остаточная стоимость основных средств по данным бухгалтерского учета (Письма от 01.04.2010 N 03-03-06/1/205, от 27.01.2010 N 03-07-14/03, от 10.06.2009 N 03-11-06/2/99).

Восстанавливать НДС вы должны в налоговом периоде, предшествующем переходу на «упрощенку» (абз. 5 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). К слову, налоговым периодом по НДС является квартал (ст. 163 НК РФ).

Учесть восстановленный НДС вы сможете при исчислении налога на прибыль в составе прочих расходов согласно ст. 264 НК РФ (абз. 3 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). На это указывают и контролирующие органы (см., например, Письма Минфина России от 01.04.2010 N 03-03-06/1/205, от 27.01.2010 N 03-07-14/03, от 07.12.2007 N 03-07-11/617, УФНС России по г. Москве от 24.12.2009 N 16-15/136335). 

Если вы не заявляли к вычету НДС по товарам, приобретенным до перехода на УСН, то и восстанавливать его не нужно (Письмо Минфина России от 16.02.2012 N 03-07-11/47). Справедливость такой позиции подтверждают и суды (см., например, Постановление ФАС Центрального округа от 25.05.2011 N А54-3447/2010-С2). Также финансовое ведомство отмечает, что нет оснований для восстановления налога и в том случае, если товары (работы, услуги) вы приобретали без «входного» НДС (Письмо Минфина России от 14.03.2011 N 03-07-11/50).

Также стоит внимательно отнестись к тем договорам, по которым вы получаете предоплату в период применения ОСН, а исполнять обязательства будете, уже работая на «упрощенке».

В IV квартале года, предшествующего месяцу перехода на УСН, вы можете принять к вычету суммы налога, которые вы уплатили в бюджет с полученных авансов (п. 5 ст. 346.25, ст. 163 НК РФ). Для этого у вас должны быть документы, подтверждающие возврат вами сумм НДС контрагентам (покупателям, заказчикам и т.д.).
Чтобы реализовать на практике правило, закрепленное в п. 5 ст. 346.25 НК РФ, вы можете, к примеру, заключить с контрагентом соглашение об изменении цены договора, в котором будет предусмотрено уменьшение стоимости товаров (работ, услуг) на сумму НДС. В этом случае эту же сумму НДС вам следует перечислить контрагенту по договору.
Суды признают вычет правомерным также и в том случае, когда вместо того, чтобы вернуть НДС покупателю, вы заключили с ним соглашение о зачете суммы НДС в счет предстоящих платежей по тому же договору (Постановление ФАС Северо-Западного округа от 04.08.2010 N А21-11991/2009).
Кроме того, право на вычет можно использовать и тогда, когда договор, по которому вы получили предоплату, расторгнут, а полученный аванс вы возвратили. Суды поддерживают этот подход (см., например, Постановление ФАС Поволжского округа от 18.07.2008 N А65-26854/2007).