Начисляют ли налог при продаже недвижимости, если в 2016 году переоформлялись документы?

Здравствуйте!

если Вы выделили доли в натуре, а судя о всему, так и есть, то скорее всего ФНС потребует уплату, например сославшись на такое письмо Минфина.

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПИСЬМО
от 1 октября 2014 г. N 03-04-05/49111
…
Вместе с этим на основании статьи 219 Гражданского кодекса право собственности на здания, сооружения и другое вновь создаваемое недвижимое имущество, подлежащее государственной регистрации, возникает с момента такой регистрации.
Пунктом 9 статьи 12 Федерального закона от 21.07.1997 N 122-ФЗ «О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним» установлено, что в случае раздела, выдела доли в натуре или других соответствующих законодательству Российской Федерации действий с объектами недвижимого имущества записи об объектах, образованных в результате этих действий, вносятся в новые разделы Единого государственного реестра прав и открываются новые дела правоустанавливающих документов с новыми кадастровыми номерами.Поскольку выдел в натуре доли в праве собственности на жилой дом приводит к возникновению нового объекта недвижимости, срок нахождения в собственности такого объекта исчисляется с даты его регистрации в Едином государственном реестре прав на недвижимое имущество и сделок с ним.Вместе с этим согласно подпункту 1 пункта 1 и подпункту 1 пункта 2 статьи 220 Кодекса при реализации имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, налогоплательщик вправе получить имущественный налоговый вычет в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, но не превышающих в целом 1 000 000 руб. Доход, превышающий названную сумму, облагается налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13 процентов.
Одновременно сообщается, что настоящее письмо Департамента не содержит правовых норм, не конкретизирует нормативные предписания и не является нормативным правовым актом. Письменные разъяснения Минфина России по вопросам применения законодательства Российской Федерации о налогах и сборах имеют информационно-разъяснительный характер и не препятствуют налогоплательщикам руководствоваться нормами законодательства Российской Федерации о налогах и сборах в понимании, отличающемся от трактовки, изложенной в настоящем письме.

со своей стороны Вы можете попробовать оспаривать данное требование применив по аналогии к своей ситуации разъяснения по ситуации с объединением квартир  

МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПИСЬМО
от 23 августа 2016 г. N 03-04-07/49241

Департамент налоговой и таможенной политики рассмотрел письмо по вопросу обложения налогом на доходы физических лиц доходов от продажи квартиры, образованной в результате объединения двух квартир, и сообщает.
В соответствии с пунктом 1 статьи 210 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) при определении налоговой базы учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной формах, или право на распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной выгоды.
Перечень доходов, освобождаемых от налогообложения, предусмотрен статьей 217 Кодекса. Согласно положениям пункта 17.1 статьи 217 Кодекса не подлежат налогообложению доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи объектов недвижимого имущества с учетом особенностей, установленных статьей 217.1 Кодекса.
В частности, статьей 217.1 Кодекса установлено, что доходы, получаемые налогоплательщиком от продажи объекта недвижимого имущества, освобождаются от налогообложения при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества и более.
На основании положений статьи 209 Гражданского кодекса Российской Федерации собственник вправе по своему усмотрению совершать в отношении принадлежащего ему имущества любые действия, не противоречащие закону и иным правовым актам и не нарушающие права и охраняемые законом интересы других лиц, в том числе отчуждать свое имущество в собственность другим лицам, передавать им, оставаясь собственником, права владения, пользования и распоряжения имуществом, отдавать имущество в залог и обременять его другими способами, распоряжаться им иным образом.
Пунктом 1 статьи 235 Гражданского кодекса Российской Федерации установлено, что право собственности прекращается при отчуждении собственником своего имущества другим лицам, отказе собственника от права собственности, гибели или уничтожении имущества и при утрате права собственности на имущество в иных случаях, предусмотренных законом.
В соответствии с пунктом 9 статьи 12 Федерального закона от 21.07.1997 N 122-ФЗ «О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним» (далее — Федеральный закон) в случае раздела, выдела доли в натуре или других соответствующих законодательству Российской Федерации действий с объектами недвижимого имущества записи об объектах, образованных в результате этих действий, вносятся в новые разделы Единого государственного реестра прав и открываются новые дела правоустанавливающих документов с новыми кадастровыми номерами.
В новых разделах Единого государственного реестра прав и в новых делах правоустанавливающих документов делаются ссылки на разделы и дела, относящиеся к объектам недвижимого имущества, в результате действий с которыми внесены записи в новые разделы Единого государственного реестра прав и открыты новые дела правоустанавливающих документов.
Федеральным законом не предусмотрена обязанность собственника объекта недвижимого имущества представлять в регистрирующий орган заявление о государственной регистрации прекращения права собственности на первоначальный объект недвижимости.Таким образом, при определении в целях налогообложения срока владения объектом недвижимого имущества, по мнению Департамента, моментом возникновения права собственности на образованную в результате объединения квартиру (в пределах общих границ исходных квартир налогоплательщика) следует считать дату первоначальной государственной регистрации права собственности на исходные квартиры, которые до момента отчуждения не выбывают из владения, пользования и распоряжения налогоплательщика. При этом в ситуации, когда даты государственной регистрации права собственности на исходные квартиры не совпадают, при определении в целях налогообложения срока владения объектом недвижимого имущества следует считать наиболее позднюю из таких дат.