Имеет ли право магазин отказать в замене часов, на время проведения проверки качества?

Не имели если это не наручные часы и Вы в течении гарантийного срока:

потребовали замены на товар этой же марки (этих же модели и (или) артикула);

потребовали замены на такой же товар другой марки (модели, артикула) с соответствующим перерасчетом покупной цены;
потребовали незамедлительного безвозмездного устранения недостатков товара или возмещения расходов на их исправление потребителем или третьим лицом.

Если часы наручные, то тут может возникнуть спор, т.к. наручные часы контактируют с кожным покровом и в этом случае часы могут отнести к ПЕРЕЧЕНю ТОВАРОВ ДЛИТЕЛЬНОГО ПОЛЬЗОВАНИЯ, НА КОТОРЫЕ НЕ РАСПРОСТРАНЯЕТСЯ ТРЕБОВАНИЕ ПОКУПАТЕЛЯ О БЕЗВОЗМЕЗДНОМ ПРЕДОСТАВЛЕНИИ ЕМУ НА ПЕРИОД РЕМОНТА ИЛИ ЗАМЕНЫ АНАЛОГИЧНОГО ТОВАРА

Основание Закон о защите прав потребителей.

ч.2 ст.20:

2. В отношении товаров длительного пользования изготовитель, продавец либо уполномоченная организация или уполномоченный индивидуальный предприниматель обязаны при предъявлении потребителем указанного требования в трехдневный срок безвозмездно предоставить потребителю на период ремонта товар длительного пользования, обладающий этими же основными потребительскими свойствами, обеспечив доставку за свой счет. Перечень товаров длительного пользования, на которые указанное требование не распространяется, устанавливается Правительством Российской Федерации.

ч.1 ст.21:

Если для замены товара требуется более семи дней, по требованию потребителя продавец (изготовитель либо уполномоченная организация или уполномоченный индивидуальный предприниматель) в течение трех дней со дня предъявления требования о замене товара обязан безвозмездно предоставить потребителю во временное пользование на период замены товар длительного пользования, обладающий этими же основными потребительскими свойствами, обеспечив его доставку за свой счет. Это правило не распространяется на товары, перечень которых определяется в соответствии с пунктом 2 статьи 20 настоящего Закона.