Что нужно делать в такой ситуации?

Ему всего 15 лет

 Костя,

уголовная ответственность за вымогательство наступает с возраста 14 лет (см.ст.20 УК РФ).

не всех свидетелей допросили которые были там

 Пока никого и не допрашивали, а брали объяснения в ходе доследственной проверки.

дело было передано в прокуратуру

 Прокуратура уголовных дел не возбуждает и не расследует. дела в отношении несовершеннолетних расследуются Следственным комитетом РФ.

В прокуратуру для проверки передаются отказные материалы.

через знакомого я у узнал,

Что нужно делать в такой ситуации?

 «Знакомый» мог Вас неправильно информировать. Вы, как законный представитель несовершеннолетнего, вправе сами проверить, что именно происходит. Непонятно, какое решение принято по заявлению и кому и зачем передан материал проверки.

Попробуйте уточнить этот вопрос у инспектора ПДН, если знаете его данные.

Если материал проверки передан в СК для возбуждения уголовного дела, Вам нужно приглашать адвоката для сына. Возможно, удастся выйти   из этой истории без особых потерь путём применения ст.90 УК РФ:

УК РФ Статья 90. Применение принудительных мер воспитательного воздействия
  
1. Несовершеннолетний, совершивший преступление небольшой или средней тяжести, может быть освобожден от уголовной ответственности, если будет признано, что его исправление может быть достигнуто путем применения принудительных мер воспитательного воздействия.

2. Несовершеннолетнему могут быть назначены следующие принудительные меры воспитательного воздействия:

 
а) предупреждение;

 
б) передача под надзор родителей или лиц, их заменяющих, либо специализированного государственного органа;

 
в) возложение обязанности загладить причиненный вред;

 
г) ограничение досуга и установление особых требований к поведению несовершеннолетнего.

Но это возможно лишь в случае, если обвинение будет предъявлено по ч.1 ст.163 УК РФ (это преступление средней тяжести). Если по ч.2 ст.163 УК РФ (тяжкое преступление!), прекращение уголовного дела невозможно. Возможно лишь освобождение от уголовного наказания в рамках ч.2 ст.92 УК РФ с направлением в учебное заведение закрытого типа:

2. Несовершеннолетний, осужденный к лишению свободы за совершение преступления средней тяжести, а также тяжкого преступления, может быть освобожден судом от наказания и помещен в специальное учебно-воспитательное учреждение закрытого типа. Помещение в специальное учебно-воспитательное учреждение закрытого типа применяется как принудительная мера воспитательного воздействия в целях исправления несовершеннолетнего, нуждающегося в особых условиях воспитания, обучения и требующего специального педагогического подхода. Несовершеннолетний может быть помещен в указанное учреждение до достижения им возраста восемнадцати лет, но не более чем на три года.

Впрочем, как правило в таких случаях несовершеннолетним выносится условный приговор.

 Пока что уточните, что происходит, какое процессуальное решение принято по материалу проверки.

Если требуется конкретная помощь, обращайтесь, пожалуйста, в чат.

Мои консультации в чате бесплатны.

Если в возбуждении уголовного дела отказано, то тогда-то как раз материал и передаётся в прокуратуру для проверки. Тогда Вам ничего делать не нужно.

Но следует иметь в виду. что прокурор может постановление об отказе уголовного дела отменить и направить для проведения дополнительной проверки.