Будет ли соавтор программы иметь права на продукт после удаления его кода?

Здравствуйте, Иван.

1. В таком случае он может претендовать только на часть дохода от продукта с его кодом или на весь доход от всех версий продукта (в том числе после полного удаления его кода)?

Иван

Он может претендовать только на часть дохода от использования продукта с его кодом, если во второй версии никак не используется его код.

Согласно пункта 3 статьи 1229 ГК РФ определены правила, применяющиеся при отсутствии соглашения между соправообладателями: каждый из правообладателей может использовать результат интеллектуальной деятельности или средство индивидуализации по своему усмотрению, если иное не установлено Гражданским кодексом Российской Федерации;

2. Будет ли он иметь какие либо другие права на продукт после удаления его кода из продукта (он производил только код, и никакой ИС кроме кода)?

Если же при создании второй версии был переработан его код, то использоваться вторая версия  может также в  режиме соавторства.

п. 87 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 23.04.2019 N 10 «О применении части четвертой Гражданского кодекса Российской Федерации»

В отношении программ для ЭВМ и баз данных под переработкой произведения (модификацией) понимаются любые их изменения, за исключением адаптации (подпункт 9 пункта 2 статьи 1270 ГК РФ, подпункт 1 пункта 1 статьи 1280 ГК РФ).

Иван, здравствуйте.

В дополнение к мнению уважаемого коллеги, по просьбе администрации Правовед.ру выскажу свою точку зрения.

1. В таком случае он может претендовать только на часть дохода от продукта с его кодом или на весь доход от всех версий продукта (в том числе после полного удаления его кода)?

Согласно п. 1 ст. 1259 ГК РФ,

к объектам авторских прав также относятся программы для ЭВМ, которые охраняются как литературные произведения.

Согласно п. 81 Постановления Пленума ВС РФ от 23.04.2019 «О применении части четвертой ГК РФ», 

к частям произведения могут быть отнесены в числе прочего: подготовительные материалы, полученные в ходе разработки программы для ЭВМ.

Согласно п. 7 ст. 1259 ГК РФ,

авторские права распространяются на часть произведения.

Т.е. написанный им код является произведением.
Согласно п. 2 ст. 1255 ГК РФ, автору произведения принадлежат следующие права:

1) исключительное право на произведение;
2) право авторства;
3) право автора на имя;
4) право на неприкосновенность произведения;
5) право на обнародование произведения.

Т.е. применительно к вашей ситуации, ваш бывший коллега является, действительно, соавтором и обладает правами, перечисленными выше.
Также, применительно к вашей ситуации, в работе вам в первую очередь следует учитывать его (1) исключительное право на произведение и (2) право автора на имя.
Согласно п. 1 ст. 1270 ГК РФ,

автору произведения или иному правообладателю принадлежит исключительное право использовать произведение.

Т.е. использовать свое произведение (код) может только он, если им не произведено отчуждение этого права в вашу пользу (ст. 1285 ГК РФ).
Под использованием произведения, согласно п. 2 ст. 1270 ГК РФ, понимается: воспроизведение произведения, распространение, публичное исполнение, переработка и т.д. 
Что касается право автора на имя, то согласно п. 1 ст. 1265 ГК РФ,

право автора на имя – право использовать или разрешать использование произведения под своим именем, под вымышленным именем (псевдонимом) или без указания имени, то есть анонимно.

Т.е. в вашем случае:
1) нужно определиться, разрешил ли он использовать свое произведение без указания его имени;
2) чтобы использовать его произведение, от него нужно разрешение – договор об отчуждении исключительного права.
Обращу внимание, что согласно п. 2 ст. 1234 ГК РФ,

договор об отчуждении исключительного права заключается в письменной форме.

В противном случае договор считается недействительным.
Отвечая на ваш вопрос, согласно п. 3 ст. 1229 ГК РФ,

доходы от совместного использования результата интеллектуальной деятельности или средства индивидуализации либо от совместного распоряжения исключительным правом на такой результат или на такое средство распределяются между всеми правообладателями в равных долях, если соглашением между ними не предусмотрено иное.

Т.е. он имеет право претендовать на половину дохода от использования вашего совместного произведения в том случае, если его произведение хоть как-то используется вами.

2. Будет ли он иметь какие либо другие права на продукт после удаления его кода из продукта (он производил только код, и никакой ИС кроме кода)?

Если переработки его произведения вами не производилось, и труд исключительно ваш, то разумеется никаких претензий с точки зрения закона он предъявить не может.
Если же вами была произведена переработка его произведения, то он также имеет право на получение дохода от использования такой переработки. При этом, напоминаю, что согласно п. 2 ст. 1270 ГК РФ, переработка его произведения (кода) возможна только с его согласия.

Резюмируя, в вашем случае советую подписать договор об отчуждении исключительного права на код, в котором указать, что он разрешает вам использовать его произведение без указания его имени.