Имел ли право директор потратил эти средства до момента регистрации измененийв егрюл?

Здравствуйте, Виталий!

Ситуация, которую вы описали, является классическим примером грубейшего нарушения корпоративного и финансового законодательства. Давайте разберем ее максимально четко.

Короткий ответ: НЕТ, директор не имел никакого права тратить эти средства.

Более того, его действия можно квалифицировать как растрату или, как минимум, как злоупотребление полномочиями, что влечет за собой полную материальную, административную, а в некоторых случаях и уголовную ответственность.

Почему это незаконно? Юридическое обоснование:
Уставный капитал не был увеличен.
Увеличение уставного капитала (УК) общества с ограниченной ответственностью считается завершенным и вступившим в силу только с момента внесения соответствующих изменений в Единый государственный реестр юридических лиц (ЕГРЮЛ) (п. 2 ст. 19 Федерального закона «Об ООО»).
Поскольку в регистрации изменений было отказано, юридически УК остался прежним. Денежные средства, внесенные участниками, формально не стали частью уставного капитала.
Правовой статус внесенных денег.
До момента государственной регистрации увеличения УК эти деньги являются:

Целевыми взносами участников для последующего формирования УК.
Либо, что вернее с точки зрения их юридической судьбы после отказа, — неосновательным обогащением Общества (ст. 1102 Гражданского кодекса РФ).
Общество обязано вернуть эти деньги участникам, так как цель, для которой они вносились (увеличение УК), не была достигнута.
Нарушение принципа неприкосновенности УК.
Даже если бы УК был увеличен, закон прямо запрещает использовать средства уставного капитала на какие-либо нужды общества до его полной оплаты и регистрации. УК — это минимальная гарантия для кредиторов, а не оборотные средства. Его расходование напрямую нарушает ст. 90 ГК РФ и базовые принципы деятельности ООО.
Последствия действий директора:
Действия директора влекут за собой несколько уровней ответственности:

Материальная ответственность перед Обществом (ст. 44 Закона «Об ООО»).
Директор обязан возместить Обществу полную сумму потраченных средств, а также все убытки, причиненные его действиями (например, проценты за пользование чужими денежными средствами по ст. 395 ГК РФ). Участники общества вправе потребовать этого от директора в судебном порядке.
Ответственность перед участниками.
Участники, внесшие деньги, вправе требовать от Общества их возврата, так как увеличение УК не состоялось. Поскольку деньги истрачены директором, Общество все равно будет нести перед ними ответственность. Фактически, своими действиями директор создал долг Общества перед его участниками.
Административная ответственность.
Подобные действия могут быть расценены контролирующими органами как ведение деятельности с серьезными нарушениями законодательства.
Уголовная ответственность (ст. 160 УК РФ «Растрата»).
Если сумма превышает 10 000 рублей, действия директора могут быть квалифицированы как растрата имущества, вверенного ему по должности. Максимальное наказание по этой статье — лишение свободы на срок до 10 лет.
Что делать участникам общества?
Вам необходимо действовать немедленно:

Собрание участников. Немедленно провести внеочередное общее собрание участников (ВОСА).
Требования к директору. На собрании потребовать от директора предоставить письменный отчет о целях и обстоятельствах расходования средств, а также предъявить ему требование о добровольном возмещении потраченной суммы в полном объеме в кратчайшие сроки.
Прекращение полномочий. Рассмотреть вопрос о досрочном прекращении полномочий данного директора.
Обращение в правоохранительные органы. Если директор откажется возмещать ущерб, необходимо подготовить и подать заявление в полицию или Следственный комитет по факту растраты.
Подача иска в суд. Параллельно подать исковое заявление в арбитражный суд к бывшему директору о взыскании причиненных Обществу убытков.
Резюме: Директор совершил серьезное правонарушение. Его действия являются основанием для его немедленного увольнения и привлечения к всей строгости ответственности. Участникам общества нельзя медлить — нужно активно защищать свои интересы и интересы самого Общества.