Можно ли вернуть НДС компании, которая перепродает товар с наценкой?

Если я правильно понимаю Ваш вопрос, Вами продается металлопрокат с наценкой с соответствующим начислением НДС, соответственно товар используется для операций облагаемых НДС.

В соответствии с п. 1 ст. 169 Налогового кодекса РФ счет-фактура является документом, служащим основанием для принятия покупателем предъявленных продавцом товаров (работ, услуг), имущественных прав (включая комиссионера, агента, которые осуществляют реализацию товаров (работ, услуг), имущественных прав от своего имени) сумм налога к вычету в порядке, предусмотренном настоящей главой.

На основании п. 2 ст. 171 НК РФ вычетам подлежат суммы налога, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг), а также имущественных прав на территории Российской Федерации либо уплаченные налогоплательщиком при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, в таможенных процедурах выпуска для внутреннего потребления, переработки для внутреннего потребления, временного ввоза и переработки вне таможенной территории либо при ввозе товаров, перемещаемых через границу Российской Федерации без таможенного оформления, в отношении:
1) товаров (работ, услуг), а также имущественных прав, приобретаемых для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с настоящей главой, за исключением товаров, предусмотренных п. 2 ст. 170 НК РФ;
2) товаров (работ, услуг), приобретаемых для перепродажи.
Согласно п. 1 ст. 172 НК РФ налоговые вычеты, предусмотренные ст. 171 НК РФ, производятся на основании счетов-фактур, выставленных продавцами при приобретении налогоплательщиком товаров (работ, услуг), имущественных прав, документов, подтверждающих фактическую уплату сумм налога при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, документов, подтверждающих уплату сумм налога, удержанного налоговыми агентами, либо на основании иных документов в случаях, предусмотренных п. п. 3, 6 — 8 ст. 171 НК РФ.
Вычетам подлежат, если иное не установлено настоящей статьей, только суммы налога, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров (работ, услуг), имущественных прав на территории Российской Федерации, либо фактически уплаченные ими при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, после принятия на учет указанных товаров (работ, услуг), имущественных прав с учетом особенностей, предусмотренных данной статьей, и при наличии соответствующих первичных документов.
Как следует из изложенного, для принятия суммы НДС, предъявленной применительно к операции поставки товара, необходимы наличие счета-фактуры, предназначенность использования товара для операций, облагаемых НДС, принятие товара на учет и наличие первичных учетных документов.

Таким образом если с Вашей реализации Вы исчисляется НДС, то Вы сможете принять к вычету входной НДС (НДС, уплаченный при приобретении металлопроката).

Однако же если Вы будете осуществлять операции, не подлежащие обложению НДС, «входной» налог по приобретенным товарам (работам, услугам), используемым в данных операциях, необходимо восстановить. Такой порядок прямо закреплен в пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ.