Что делать, если заказчик отказывается от товара, а товар в пути по 44-ФЗ?

Добрый день, в контракте изначально был указан производитель?

Когда Вы первоначально привезли товар оформляли акты приема передачи и акты отказа в приемке с указанием причин отказа?

Если фактически Ваши нарушения имеются (например не соответствует условиям контракта размер) и замена производится по Вашей вине, или у Вас отсутствуют документы, что Вы во время поставили товар то бороться будет затруднительно. Что более подробно сказать можно только после анализа договора (контракта).

Возможно ссылки на следующие нормативные помогут Вам разобраться:

ФЗ от 05.04.2013 N 44-ФЗ «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд»

п. 8 чт. 95 

Расторжение контракта допускается по соглашению сторон, по решению суда, в случае одностороннего отказа стороны контракта от исполнения контракта в соответствии с гражданским законодательством.

ст. 523 ГК РФ

Односторонний отказ от исполнения договора поставки (полностью или частично) или одностороннее его изменение допускаются в случае существенного нарушения договора одной из сторон (абзац четвертый пункта 2 статьи 450).
Нарушение договора поставки поставщиком предполагается существенным в случаях:
поставки товаров ненадлежащего качества с недостатками, которые не могут быть устранены в приемлемый для покупателя срок;
неоднократного нарушения сроков поставки товаров.

Александр, приветствую!

Уточните, пожалуйста, гос.контракт у вас заключен либо нет?

Если заключен, вам необходимо его внимательно изучить и строго следовать условиям. Общаться с заказчиком рекомендую исключительно в письменной форме.

Порядок приемки товара установлен статьей 94 закона 44-ФЗ и условиями вашего контракта. Таких процедур как «товар не подошел, сказали привезти другой» закон не содержит. Если привезенный вами товар по каким-то характеристикам не соответствует ТЗ, заказчик должен составить акт и указать, что конкретно там не подходит.