Является ли наличие ранее выданного и прекратившего действие патента препятствием для нового?

Добрый день! В Вашем случае есть вероятность того, что Вам будет отказано в выдаче патента, так как изобретение:

• известно  из уровня техники, к которому относятся ЛЮБЫЕ сведения, ставшие общедоступными в мире до даты приоритета изобретения.
  
• для специалиста  следует из уровня техники.
  

Таким образом, созданное в Вашей организации потенциальное изобретение соответствует данной категории по форме, предусмотренной п.1. ст. 1350 ГК РФ:
 «В качестве изобретения охраняется техническое решение в любой области, относящееся к продукту (в частности, устройству, веществу, штамму микроорганизма, культуре клеток растений или животных) или способу (процессу осуществления действий над материальным объектом с помощью материальных средств), в том числе к применению продукта или способа по определенному назначению».
Однако не соответствует содержательному критерию охраноспособности  (не является новым и не имеет изобретательского уровня).
На основании вышеизложенного, рекомендую обратиться к такому способу правовой охраны как защита РИД в режиме коммерческой тайны, так как содержательный критерий в нем требует лишь способность приносить доход согласно п.1. ст. 1465 ГК РФ:
Секретом производства (ноу-хау) признаются сведения любого характера (производственные, технические, экономические, организационные и другие) о результатах интеллектуальной деятельности в научно-технической сфере и о способах осуществления профессиональной деятельности, имеющие действительную или потенциальную коммерческую ценность вследствие неизвестности их третьим лицам, если к таким сведениям у третьих лиц нет свободного доступа на законном основании и обладатель таких сведений принимает разумные меры для соблюдения их конфиденциальности, в том числе путем введения режима коммерческой тайны. Указанный режим устанавливается локальным актом юридического лица.