Можно ли подать в суд, если с момента преступления прошло два года?

Если сможете доказать поборы(но это маловероятно и сложно). В принципе, вы можете обыграть ситуацию как ошибочные перечисленные денежные средства и обратится по поводу неосновательного обогащения — срок давности три года:

Гражданский кодекс Российской Федерации

Статья 1102. Обязанность возвратить неосновательное обогащение
1. Лицо, которое без установленных законом, иными правовыми актами или сделкой оснований приобрело или сберегло имущество (приобретатель) за счет другого лица (потерпевшего), обязано возвратить последнему неосновательно приобретенное или сбереженное имущество (неосновательное обогащение), за исключением случаев, предусмотренных статьей 1109 настоящего Кодекса.
2. Правила, предусмотренные настоящей главой, применяются независимо от того, явилось ли неосновательное обогащение результатом поведения приобретателя имущества, самого потерпевшего, третьих лиц или произошло помимо их воли.

Общий срок исковой давности — три года. По трудовым спорам  три месяца.Но здесь у Вас похоже на уголовное преступление с. 163 УК РФ (вымогательство) Для начала обратитесь в полицию. Они либо возбудят дело либо вынесут постановление об отказе Вам любое это решение нужно будет использовать в предстоящем суде.

Если приступление и оно не относиться к категории частного обвинения, то о претуплении сообщают в полицию, а не в суд.

Добрый вечер! Алексей, если у Вас сохранилась квитанция о переводе (спустя 2 года банк может не предоставить сведения о переводе), то Вы можете обратиться в суд с иском о взыскании неосновательного обогащения. Только не нужно говорить, что данная сумма была перечислена для того, чтобы Вас оставили на работе. Но есть риск того, все-таки начальник докажет отсутствие неосновательного обогащения. Хотя, по-моему, мнению это маловероятно. 

Если необходима помощь в составлении иска — можете обратиться ко мне через личные сообщения.