Как взыскать задолженность ИП перед ООО?

Обращайтесь суд, в обосновании указывайте, что договор в письменной форме не заключался. Накладные — надлежащее доказательство поставки товара, суд их примет. Отсутствие договора в письменной форме не является препятствием для восстановления вашего нарушенного права.
Обращайтесь в арбитражный суд по месту нахождения ответчика с исковым заявлением о взыскании задолженности по договору. После вынесения решения в вашу пользу, получайте исполнительный лист и направляйте его для взыскания в службу судебный приставов или в банк, где открыт счёт у ИП. Если на счету есть соответствующая сумма ей переведут на ваш счёт. Приставы кроме того могут разыскивать имущество ИП и арестовывать его, реализовывать на тограх и тем самым погашать сумму долга перед вашей организацией. Нужно помнить, что ИП отвечает по своим обязательствам всем своим имуществом, в т.ч. и личным. В случае, если приставы не могут взыскать указанную сумму — можно инициировать процедуру банкротства ИП, подав соответствующее в Арбитражный суд по месту нахождения ИП.