Могу ли я выписать отца из общежития, если он является главным квартиросъемщиком?

Добрый день. См. ст. 89 ЖК РФ

Статья 90. Выселение нанимателя и проживающих совместно с ним членов его семьи из жилого помещения с предоставлением другого жилого помещения по договору социального найма
Если наниматель и проживающие совместно с ним члены его семьи в течение более шести месяцев без уважительных причин не вносят плату за жилое помещение и коммунальные услуги, они могут быть выселены в судебном порядке с предоставлением другого жилого помещения по договору социального найма, размер которого соответствует размеру жилого помещения, установленному для вселения граждан в общежитие.

В данном случае выселяет муниципалитет. Вы можете попробовать разделить лицевой счет квартиры и перезаключить договор соцнайма на нескольких нанимателей, чтобы не произошло указанной в данной статье ситуации.