Может ли транспортная компания повесить стоимость украденного груза?

Добрый день.
Согласно ст.401 Гражданского кодекса РФ лицо, не исполнившее обязательства либо исполнившее его ненадлежащим образом, несет ответственность при наличии вины (умысла или неосторожности), кроме случаев, когда законом или договором предусмотрены иные основания ответственности.
Лицо признается невиновным, если при той степени заботливости и осмотрительности, какая от него требовалась по характеру обязательства и условиям оборота, оно приняло все меры для надлежащего исполнения обязательства.

Таким образом, если вашей вины в краже нет, можете быть спокойны.