Но страховая компания предъявила в адрес ООО " МК Логистик" претензию о стоимости ремонтных работ, в свою

Здесь нужно понимать на чем основаны требования страховой компании и почему она обратилась к ООО «МК Логистик», которое как понимаю является грузооптправителем.

Могу лишь предположить, что была произведена страховая выплата грузополучателю и страховая компания, в порядке суброгации в силу ст. 965 ГК РФ предъявило требование грузоотправителю

1. Если договором имущественного страхования не предусмотрено иное, к страховщику, выплатившему страховое возмещение, переходит в пределах выплаченной суммы право требования, которое страхователь (выгодоприобретатель) имеет к лицу, ответственному за убытки, возмещенные в результате страхования. 

И требования к ООО «МК Логистик» были предопределены тем, что в договорных отношениях с получателем груза, Вы не фигурировали, что и предопределило рассмотрение отправителя в качестве причинителя вреда.

В этом случае, ООО «МК Логистик» удовлетворив требования страховой компании вправе обратиться к Вам в рамках регрессных требований на основании ст. 1081 ГК РФ о возмещении причиненного ущерба.

В дальнейшем тут можно оспорить размер предъявленных требований, основываясь на ст. 34 ФЗ от 08.11.2007 N 259-ФЗ «Устав автомобильного транспорта и городского наземного электрического транспорта»

7. Перевозчик возмещает ущерб, причиненный при перевозке груза, багажа, в размере:
1) стоимости утраченных или недостающих груза, багажа в случае утраты или недостачи груза, багажа;
2) суммы, на которую понизилась стоимость груза, багажа, в случае повреждения (порчи) груза, багажа или стоимости груза, багажа в случае невозможности восстановления поврежденных (испорченных) груза, багажа;
3) доли объявленной стоимости груза, багажа, соответствующей недостающей или поврежденной (испорченной) части груза, багажа, в случае недостачи, повреждения (порчи) груза, багажа, сданных для перевозки с объявленной ценностью;
4) объявленной стоимости в случае утраты груза, багажа, а также невозможности восстановления груза, багажа, сданных для перевозки с объявленной ценностью и испорченных или поврежденных.

Исходя из того была ли объявлена ценность перевозимого груза или нет. 

Если груз согласно ст. 34 ФЗ от 08.11.2007 N 259-ФЗ «Устав автомобильного транспорта и городского наземного электрического транспорта» не подлежит восстановлению тогда кроме оплаты за груз также придется возместить провозную оплату. Не совсем понятно почему грузоотправитель требует возместить оплату за поврежденный груз, а не страховая в силу суброгации согласно ст. 965 ГК РФ как к причинителю вреда. Надо смотреть претензию, а также запрашивать документы по признанию или не признанию страховой компанией страхового случая.