Начальник отказывается в выдаче знака по причине отсутствия положения о награждении данным знаком, как

Здравствуйте, Игорь! 

К сожалению не все ведомственные приказы есть в свободном доступе, вполне вероятно, что отдельного приказа МО РФ «Об отверждении знака отличия Министерства обороны Российской Федерации „Отличник Военно-космических Сил“ нет.

Если говорить о порядке, то для возбуждения ходатайства о награждении оформляется представление на военнослужащего, после о награждении объявляется приказом командира (начальника). Данные о награждении заносятся в служебную карточку.

Дисциплинарный Устав ВС РФ: 

42. Поощрение — награждение нагрудным знаком отличника — объявляется приказом командира воинской части и применяется в отношении солдат, матросов, сержантов и старшин, которые являлись отличниками в течение одного периода обучения, а также в отношении курсантов военных образовательных организаций, которые являлись отличниками в течение учебного года.

К тому же, в связи с издание приказа  МО РФ N 470 от 01.08.2015 О геральдике ВКС потребность в данном знаке отличия, на мой взгляд, отпала: 

3. Возбуждение ходатайства о награждении знаком отличия « За заслуги » осуществляется начальниками от командира полка, ему равными и выше, командирами отдельных батальонов, а также командирами отдельных воинских частей, пользующимися дисциплинарной властью командира батальона, в установленном порядке по результатам итоговых проверок, учений, маневров, по итогам проверок боевой подготовки, состояния боевой и мобилизационной готовности войск. Повторное награждение знаком отличия « За заслуги » не производится.

Издание иного приказа дублировало бы данное положение.

С Уважением!