Можем ли мы потом его заставить это сделать даже в отсутствии этого условия в договоре?

Если вы Заказчик то вы можете составить протокл разногласий в котором указать те пункты которые вы хотели бы внести.

При наличии такого протокола, если догоовр не будет подлежат изменению, данныйй догоовр будет считаться догоовром присоединения.

Согласно ст.428 ГК РФ:

1. Договором присоединения признается договор, условия которого определены одной из сторон в формулярах или иных стандартных формах и могли быть приняты другой стороной не иначе как путем присоединения к предложенному договору в целом.

При этом в таком случае, согласно п.3 указанной статьи вы сможете в судебном порядке требоваьб внесния изменения в данный договор.

. Присоединившаяся к договору сторона вправе потребовать расторжения или изменения договора, если договор присоединения хотя и не противоречит закону и иным правовым актам, но лишает эту сторону прав, обычно предоставляемых по договорам такого вида, исключает или ограничивает ответственность другой стороны за нарушение обязательств либо содержит другие явно обременительные для присоединившейся стороны условия, которые она исходя из своих разумно понимаемых интересов не приняла бы при наличии у нее возможности участвовать в определении условий договора.

Мы являемся Заказчиком. Исполнитель отказывается включать условия предоставления РКМ в договор и в Протокол Разногласий.

Даже если это договор по государственному оборонному заказу? 

Если по ГОЗ, то должны принять ваши условия, поскольку здесь кооперация.