Как ген директору отказаться от доли в пользу ООО?

Составляете протокол собрания учредителей Общества, на которым одним из вопросов повестки дня ставите вопрос о выходе из учредителей Общества, и о передаче своей доли в пользу Общества. На основании этого протокола составляете заявление в налоговую инспекцию, которая занимается регистрацией и внесением изменений в ЕГРЮЛ, и это заявление направляете заказным письмом с приложением протокола. Если в заявлении всё написано правильно, то Вам придёт письмо из налоговой с новой выпиской из ЕГРЮЛ, в которой буду отражены все изменения.

В соответствии с п.1  ст. 26 Федерального  закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ (ред. от 04.11.2019) «Об обществах с ограниченной ответственностью», участник общества вправе выйти из общества путем отчуждения доли обществу независимо от согласия других его участников или общества, если это предусмотрено уставом общества. Заявление участника общества о выходе из общества должно быть нотариально удостоверено по правилам, предусмотренным законодательством о нотариате для удостоверения сделок.
Право участника общества на выход из общества может быть предусмотрено уставом общества при его учреждении или при внесении изменений в его устав по решению общего собрания участников общества, принятому всеми участниками общества единогласно, если иное не предусмотрено федеральным законом.
Согласно п.2. ст.24 этого же закона, в течение одного года со дня перехода доли или части доли в уставном капитале общества к обществу они должны быть по решению общего собрания участников общества распределены между всеми участниками общества пропорционально их долям в уставном капитале общества или предложены для приобретения всем либо некоторым участникам общества и (или), если это не запрещено уставом общества, третьим лицам.
Для выхода из состава учредителей необходимо:
1. Заявление о выходе участников. Участник общества, выходящий из состава учредителей должен написать заявление на имя генерального директора о выходе из состава учредителей ООО. В этом заявлении необходимо отразить размер доли уставного капитала, которая перейдет обществу и нотариально удостоверить его. Согласно законодательству РФ участник считается вышедшим из состава Общества с момента оформления и нотариального заверения заявления. Заявление о выходе участника из общества с 2018 года подлежит обязательному нотариальному заверению нотариусом.
2. Протокол внеочередного общего собрания участников или решение о распределении доли общества. Основная повестка дня в протоколе — это распределение доли в уставном капитале Общества, принадлежащей Обществу, между всеми участниками Общества. Доля, оставшаяся после выхода участника может быть распределена между оставшимися участниками пропорционально их долям в уставном капитале; продана участнику Общества или третьему лицу, либо может быть оставлена на Обществе в течение года.
3. Заполнить заявление по форме №Р14001. Если при регистрации выхода участника одновременно не подаются изменения затрагивающие учредительные документы (смена юрадреса, кодов оквэд, наименования общества), то необходимо использовать форму заявления №Р14001. При регистрации изменений по форме №Р14001 госпошлина не оплачивается, и новая редакция устава не разрабатывается. В случае если возникает необходимость одновременно осуществить вышеописанные изменения, то потребуется форма заявления №Р13001, с оплатой госпошлины и двумя экземплярами новой редакции устава.
 Перед подачей документов в налоговую потребуется нотариальное заверение заявления на регистрацию. Заявителем будет являться действующий генеральный директор общества. Явка учредителя выходящего из состава общества к нотариусу обязательна!
 Перед посещением нотариуса потребуется получить актуальную выписку из ЕГРЮЛ, не старше 10-15 дней. Подготовить все выше описанные документы, а также взять полный комплект учредительных документов (свидетельства государственной регистрации, постановке на учет, действующий устав, протокол или решение о назначении гендиректора и т.д.)
Затем подача документов в налоговую                    
Для регистрации изменений в налоговую необходимо подать:
•Копию заявления о выходе участников заверенное нотариусом;
•Протокол внеочередного общего собрания участников или решение о распределении доли общества;
•Заявление по форме №Р14001, заверенное нотариусом.
 После подачи документов на регистрацию на руки получить расписку о приеме документов, через пять дней по расписке необходимо получить готовые документы.
Так как Вы намерены  отказаться от получения действительной стоимости доли в пользу Общества, то согласно ст. 415 ГК РФ, отказ выходящего участника от права на получение действительной стоимости доли, является прощением долга.
Для вышедшего участника отказ от получения действительной доли налоговых последствий не несет, так как доход вышедшим участником фактически не получен. Хотя, есть мнение МФ РФ, правда, высказанное в ситуации отказа участника от получения дивидендов, что отказываясь от получения действительной стоимости доли, выходящий участник Общества таким образом распоряжается своим правом на нее, а следовательно, у него возникает доход, подлежащий обложению НДФЛ. (Письмо МФ РФ от 04.10.2010 N 03-04-06/2-233)
Что касается необходимости начисления НДФЛ в ситуации, когда участник при выходе из Общества отказывается от получения стоимости своей действительной доли, то по такому случаю официальных разъяснений не имеется.