Как обязать компанию убрать оборудование с крыши дома, если договора аренды нет?

Дмитрий, здравствуйте!

Напишите им письменную претензию. Возможно в досудебном порядке решат вопрос.

Согласно ст.304 ГК РФ собственник может требовать устранения всяких нарушений его права, хотя бы эти нарушения и не были соединены с лишением владения.

Таким образом, собственник — Вы можете обращаться в суд, что обязать их убрать имущество. 

С уважением, юрист Дмитрий.