Какова процедура оформления счета-фактуры в данном случае?

Постановление Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137 (ред. от 01.02.2018) «О формах и правилах заполнения (ведения) документов, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость»:

в) в строке 2 — полное или сокращенное наименование продавца — юридического лица в соответствии с учредительными документами, фамилия, имя, отчество индивидуального предпринимателя.
При составлении счетов-фактур налоговыми агентами, предусмотренными пунктами 2 и 3 статьи 161 Налогового кодекса Российской Федерации, указывается полное или сокращенное наименование продавца (согласно договору с налоговым агентом), за которого налоговый агент исполняет обязанность по уплате налога.

При составлении счета-фактуры комиссионером (агентом), приобретающим товары (работы, услуги), имущественные права от своего имени, указываются полное или сокращенное наименование продавца — юридического лица в соответствии с учредительными документами, фамилия, имя, отчество индивидуального предпринимателя;
При составлении счета-фактуры комиссионером (агентом), приобретающим у двух и более продавцов товары (работы, услуги), имущественные права от своего имени, указываются полные или сокращенные наименования продавцов — юридических лиц в соответствии с учредительными документами, фамилии, имена, отчества индивидуальных предпринимателей (через знак ";" (точка с запятой).

Исходя из указанных правил, во избежание путаницы о количестве продавцов, Вам следует в счет-фактуре указывать наименование юр. лица как указано в договоре, либо полное наименование.