Что делать, если дом, купленный за материнский капитал, признали не жилым?

признан аварийным

Получите документы, подтверждающие это состояние… была гос комиссия?

Анастасия, здравствуйте. Согласно ст.57 Жилищного кодекса РФ 

2. Вне очереди жилые помещения по договорам социального найма предоставляются:
1) гражданам, жилые помещения которых признаны в установленном порядке непригодными для проживания и ремонту или реконструкции не подлежат;

При этом следует отметить, что это возможно только при условии соблюдения общих требований жилищного законодательства применительно к предоставлению жилых помещений по договорам социального найма и подтверждения объективной нуждаемости в жилом помещении

Согласно части 2 ст.49 ЖК РФ 

2. Малоимущим гражданам, признанным по установленным настоящим Кодексом основаниям нуждающимися в жилых помещениях, предоставляемых по договорам социального найма, жилые помещения муниципального жилищного фонда по договорам социального найма предоставляются в установленном настоящим Кодексом порядке. Малоимущими гражданами в целях настоящего Кодекса являются граждане, если они признаны таковыми органом местного самоуправления в порядке, установленном законом соответствующего субъекта Российской Федерации, с учетом дохода, приходящегося на каждого члена семьи, и стоимости имущества, находящегося в собственности членов семьи и подлежащего налогообложению.

Согласно ч.1 ст.52 ЖК РФ

 1. Жилые помещения по договорам социального найма предоставляются гражданам, которые приняты на учет в качестве нуждающихся в жилых помещениях, за исключением установленных настоящим Кодексом случаев.

Поэтому Вам необходимо обращаться в органы соцзащиты для признания Вас малоимущей семьей и вставать на учет в качестве нуждающихся в жилом помещении.

После этого у администрации появится обязанность внеочередного предоставления жилья.