Возможно исключение отца из свидетельства о рождении?

Да, только через суд.

Статья 52 СК РФ Оспаривание отцовства (материнства) 1. Запись родителей в книге записей рождений, произведенная в соответствии с пунктами 1 и 2 статьи 51 настоящего Кодекса, может быть оспорена только в судебном порядке по требованию лица, записанного в качестве отца или матери ребенка, либо лица, фактически являющегося отцом или матерью ребенка, а также самого ребенка по достижении им совершеннолетия, опекуна (попечителя) ребенка, опекуна родителя, признанного судом недееспособным.

Но если он является биологическим отцом, это будет крайне сложно.