Подскажите, пожалуйста, как вести себя в данной ситуации?

Оксана, добрый день! Хорошо бы конечно сам запрос от налоговой увидеть. Что говорить в итоге зависит конечно от отношений с работодателем, если он настаивает на наличии договора так пусть его и представит для заключения (вопрос какой — трудовой или гражданско-правовой?) хотя тут для налоговой по сути последствия одинаковые — и в том и в другом случае работодатель/заказчик в силу ст. 226 и 422 НК РФ обязан при выплатах удерживать ндфл и платить страховые взносы. А самозанятость которая бы этот вопрос снимала задним числом в любом случае не зарегистрировать.

Здравствуйте, Оксана.

В дополнение к ответу коллеги хочу отметить, что если и давать объяснения, что есть договор, то надо договариваться с работодателем, что это такой договор, при котором работодатель не является налоговым агентом, а Ваша мама не будет считаться застрахованным лицом (чтобы не было проблем с ПФР, если, например Ваша мама получает федеральную или региональную социальную доплату к пенсии). 

Например, можно оформить «задним числом» агентский договор (но довольно хлопотно). По такому договору за 2021 год мама должна отчитаться по НДФЛ только в 2022 году (и это придется сделать, если объяснение  «прокатит» в ФНС). 

Можно также оформить договор аренды какого-нибудь имущества (квартиры, машины), принадлежащего вашей маме. Но арендатор (работодатель) все равно должен был бы удерживать НДФЛ…

Хотя, конечно, если работодатель массово не оформляет работников, то ФНС раскусит эту «схему». 

С точки зрения безопасности для вашей мамы — ей проще сказать, что работает фактически и договор трудовой. Максимум, что она может потерять — социальную доплату к пенсии, иные выплаты, которые выплачиваются пенсионерам только при условии, что они неработающие (незастрахованные) лица, которые могут потребовать вернуть.