Добрый день, можно ли сократить должность заместителя, если его должность прописана в уставе, как человека, выполняющего функции руководителя во время отсутствия последнего?

Здравствуйте, Елена.

При проведении организационно-штатных мероприятий можно сократить, в принципе, любую должность. В Вашем случае, одновременно с организационно-штатными мероприятиями, приказом вносятся изменения в нормативные документы (устав, должностной регламент и т.п.), которыми определяется должность, сотрудник замещающий которую будет исполнять обязанности руководителя. 

В принципе этот пункт из устава можно вообще исключить, а исполняющего обязанности руководителя назначать приказом на период его отсутствия.