Будет ли состав преступления по статье 160 и как вести себя должностному лицу в СК?

Добрый день

Статья 160. Присвоение или растрата

1. Присвоение или растрата, то есть хищение чужого имущества, вверенного виновному, — наказываются штрафом в размере до ста двадцати тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного года, либо обязательными работами на срок до двухсот сорока часов, либо исправительными работами на срок до шести месяцев, либо ограничением свободы на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо лишением свободы на тот же срок.

Состав будет.
Примирения сторон не будет, раз вы только часть возместили. Да и Вы не сказали, хочет ли этого организация.
Вам бы лучше всего организовать примирение.

Суд, а также следователь с согласия руководителя следственного органа или дознаватель с согласия прокурора вправе на основании заявления потерпевшего или его законного представителя прекратить уголовное дело в отношении лица, подозреваемого или обвиняемого в совершении преступления небольшой или средней тяжести, в случаях, предусмотренных статьей 76 Уголовного кодекса Российской Федерации, если это лицо примирилось с потерпевшим и загладило причиненный ему вред.

У вас есть время примириться до удаления суда в совещательную комнату для вынесения решения  по делу.