Как происходит оплата по договору без НДС, если один из пунктов требует счет-фактуру?

Здравствуйте, Алексей!

В соответствии с положениями ч. 1 ст. 452 Гражднского кодекса РФ

Соглашение об изменении или о расторжении договора совершается в той же форме, что и договор, если из закона, иных правовых актов, договора или обычаев не вытекает иное.

В подписанном сторонами договоре рукописные исправления не допускаются. Если Вы хотите изменить условия договора, Вам нужно составить дополнительное соглашение к нему об изменении содерждания пункта либо составиь протокол разногласий. 

Здравствуйте, Алексей.

Чаще всего в вашем случае предоставляют счет-фактуру (сейчас УПД) с нулевым НДС. 

Т.е. обязанность по представлению с-ф вы исполните, но т.к. НДС будет 0 — уплачивать его не потребуется.

Здравствуйте! Рекомендую этот вопрос решить на этапе до заключения контракта (направив протокол разногласий, приложив к нему текст контракта в новой редакции). Если правки не будут внесены, то на этапе исполнения контракта учитывайте следующие разъяснения налоговой службы:

Даже если в договоре указан размер НДС, и даже если в платежке покупатель выделил НДС, платить упрощенцу этот НДС не нужно, если он не выставлял счет-фактуру (письмо от 8 ноября 2016 г. N СД-4-3/21119@).Так что если условие о счет-фактуре в договоре останется, выставлять ее не нужно, чтобы не пришлось платить НДС.