Что делать, если меня не восстановили из запаса?

Здравствуйте, Алексей! Богата Россия чудаками.
Командир части выдал отношение, есть должность для Вас. т.е. аттестационная комиссия утвердила Вашу кандидатуру.
Документы должны дойти до статс-секретаря — зам. министра обороны. Кто Вам отказал? Таких оснований отказа в законе нет.
ФЗ-53 Статья 34 п. 5. Основаниями для отказа кандидату, поступающему на военную службу по контракту, в заключении с ним соответствующего контракта являются:
отсутствие в Вооруженных Силах Российской Федерации, других войсках, воинских формированиях и органах вакантных воинских должностей согласно профилю подготовки кандидата или полученной им военно-учетной специальности;
решение аттестационной комиссии воинской части, утвержденное командиром (начальником) воинской части, о заключении контракта о прохождении военной службы с другим кандидатом по итогам конкурсного отбора;
решение комиссии военного комиссариата, совместной комиссии пункта отбора на военную службу по контракту и военного комиссариата или аттестационной комиссии воинской части о несоответствии кандидата, поступающего на военную службу по контракту, требованиям, установленным настоящим Федеральным законом.
Если отказал главком сухопутных войск, обратитесь к МО РФ, можно через сайт.
Данное решение можно опротестовать в суде, как незаконное.
И еще один вариант — найти другое место службы, например, в ВМФ.
Даже если Вы «долго» были в запасе — для этого есть курсы повышения квалификации и сейчас действующие офицеры, со знаниями и опытом направляются на эти курсы, или даже на переподготовку по смежным ВУС.