Как истребовать оплату переработки за 2016 год, до увольнения с пограничной службы?

Если Вы имеете в виду дополнительные дни отдыха за боевую службу, то данная норма установлена ФЗ «О статусе военнослужащих».

Так, согласно аб. 2 п. 3 ст. 11 Федеральный закон «О статусе военнослужащих» от 27.05.1998 N 76-ФЗ,

Военнослужащим, проходящим военную службу по контракту, участвующим в мероприятиях, которые проводятся при необходимости без ограничения общей продолжительности еженедельного служебного времени, по их просьбе вместо предоставления дополнительных суток отдыха может выплачиваться денежная компенсация в размере денежного содержания за каждые положенные дополнительные сутки отдыха. Порядок и условия выплаты денежной компенсации устанавливаются руководителем федерального органа исполнительной власти или федерального государственного органа, в которых федеральным законом предусмотрена военная служба.

Указанный порядок выплат по ФСБ РФ установлен Приказ ФСБ РФ от 31 мая 2007 г. N 278 «О порядке и условиях выплаты военнослужащим органов федеральной службы безопасности денежной компенсации вместо предоставления дополнительных суток отдыха», согласно которому:

1. Выплачивать военнослужащим органов федеральной службы безопасности (далее — органы безопасности), проходящим военную службу по контракту (далее — военнослужащие), участвовавшим в мероприятиях, которые проводятся при необходимости без ограничения общей продолжительности еженедельного служебного времени, по их просьбе вместо предоставления дополнительных суток отдыха денежную компенсацию за каждые положенные дополнительные сутки отдыха (далее — денежная компенсация).
2. Установить, что решения о выплате военнослужащим денежной компенсации и о количестве дополнительных суток отдыха, за которые выплачивается денежная компенсация, принимаются должностными лицами, имеющими право издания приказов по личному составу, на основании рапортов военнослужащих и оформляются соответствующими приказами.
3. Размер денежной компенсации исчислять путем деления суммы оклада по воинской должности и оклада по воинскому званию, установленных военнослужащим на день издания приказов о выплате указанной компенсации, на 30 и умножения на количество компенсируемых дополнительных суток отдыха.

Таким образом, Вам необходимо обратиться с соответствующим рапортом к начальнику части.