Апелляцию с нарушением срока подачи могу опротестовать?

Добрый день. Вполне возможно что суд посчитал уважительными причины пропуска срока, либо срок не был пропущен. Не зная деталей, сложно говорить.

Заседагние было по восстанволению сроков?

В любом случае на это обстоятельство следует указать в апелляции

Статья 112. Восстановление процессуальных сроков
(в ред. Федерального закона от 28.07.2004 N 94-ФЗ)
1. Лицам, пропустившим установленный федеральным законом процессуальный срок по причинам, признанным судом уважительными, пропущенный срок может быть восстановлен.
2. Заявление о восстановлении пропущенного процессуального срока подается в суд, в котором надлежало совершить процессуальное действие, и рассматривается в судебном заседании. Лица, участвующие в деле, извещаются о времени и месте судебного заседания, однако их неявка не является препятствием к разрешению поставленного перед судом вопроса.
3. Одновременно с подачей заявления о восстановлении пропущенного процессуального срока должно быть совершено необходимое процессуальное действие (подана жалоба, представлены документы), в отношении которого пропущен срок.
4. Заявление о восстановлении пропущенного процессуального срока, установленного частью второй статьи 376, частью второй статьи 391.2 и частью второй статьи 391.11 настоящего Кодекса, подается в суд, рассмотревший дело по первой инстанции. Указанный срок может быть восстановлен только в исключительных случаях, когда суд признает уважительными причины его пропуска по обстоятельствам, объективно исключающим возможность подачи кассационной или надзорной жалобы в установленный срок (тяжелая болезнь лица, подающего жалобу, его беспомощное состояние и другое), и эти обстоятельства имели место в период не позднее одного года со дня вступления обжалуемого судебного постановления в законную силу.
(часть 4 в ред. Федерального закона от 09.12.2010 N 353-ФЗ)
5. На определение суда о восстановлении или об отказе в восстановлении пропущенного процессуального срока может быть подана частная жалоба.